Около десяти тысяч книг различных жанров насчитывается в Фонде редких книг Президентской библиотеки Управления делами Президента Азербайджанской Республики.
Здесь находятся издания, выпущенные в период с XVI по XX век, на 25-ти языках мира. Здесь можно найти редкую научную литературу, книги по языкознанию, философии, словари, энциклопедии, но большую часть фонда составляет художественная и историческая литература.
Самая старая книга фонда – "История Пармы" Бонавентуры Анджеди, изданная в 1591 году на итальянском языке. Значимое место в фонде занимает 82-томный Энциклопедический словарь Брокгауза и Эфрона, напечатанный в 1893 году.
В фонде хранится большое количество редкой литературы на русском языке времен Российской империи, представляющей большую историческую ценность. Одна из таких книг – "Описание коронации ее Величества императрицы, и самодержицы Всероссийской, Анны Иоанновны", которое состоялось в 1730 году. В фонде хранится почетный экземпляр книги "Именитое Российской Империи купечество", выданный действительному статскому советнику Гаджи Зейналабдину Тагиеву. В книге отдельные страницы посвящены азербайджанским деятелям Муртузе Мухтарову и самому Тагиеву.
В архиве библиотеки имеются книги и на армянском языке. Несмотря на уничтожение азербайджанских памятников культуры в Армении, в фонде смогли сохранить множество армянских книг, включая редкую религиозную литературу.
Кроме старинных книг, в фонде библиотеки также хранятся издания, представляющие художественную ценность, выделяющиеся красивым оформлением и особой полиграфической техникой. Одна из таких книг – подарочный экземпляр Корана, напечатанный по инициативе президента Азербайджана Ильхама Алиева ограниченным тиражом. Книга отличается оригинальным дизайном переплета – он выполнен из кожи и украшен камнями Сваровски.
Внимания заслуживает книга "Империя тюрков: великая цивилизация", которая была издана в Москве в количестве 700 экземпляров. Автор книги – академик, профессор, доктор исторических наук, доктор философских наук, кавалер Почетного знака РАЕН "Рыцарь науки и искусств" Рустан Рахманалиев. Книга имеет не только научную ценность, но и является образцом полиграфического искусства.
Фонд библиотеки пополняется новой редкой литературой, а коллектив фонда ведет постоянную работу по реставрации и сохранению редких книг.