Фортификационная крепость Шахбулаг была построена в середине XVIII века основателем Карабахского ханства Панах Али-ханом. Место для нее было выбрано у холма, рядом с родником Шахбулаг, определившим название крепости. Здесь же были построены площадь, мечеть, баня, базар и жилые помещения. Сам Панах Али-хан обосновался в этой крепости, так как она была надежным и неприступным укрытием от врагов. Упоминание о ней можно найти в трудах многих известных историков.
С июля 1993 года до октября 2020-го территория Агдамского района и крепость оказались под оккупацией вооруженных сил Армении. Город Агдам был разрушен, а крепость Шахбулаг подвергнута вандализму. Так, в одну из стен крепости был вделан крест, а мечеть, дворец хана и другие постройки - разрушены. Целыми остались только оборонительные стены. Также в 2006 году армянской стороной вокруг крепости были инициированы раскопки, а найденные артефакты - вывезены в Армению.